AFKOS je sistematizovan kao unutrašnja jedinica u okviru Ministarstva finansija izvan sektora i Sekretarijata pod direktnom nadležnošću ministra finansija.

Poslovi iz nadležnosti AFKOS-a sprovode se u okviru tri uže unutrašnje jedinice, i to:

1. Grupe za selekciju prijavljenih nepravilnosti i upravljanje rizicima,
2. Grupe za postupanje po prijavljenim nepravilnostima i sumnjama na prevaru, i
3. Grupe za studijsko-analitičke poslove.

Grupa za selekciju prijavljenih nepravilnosti i upravljanje rizicima obavlja poslove koji se odnose na:

• selekciju prijavljenih nepravilnosti;
• predlaganje pokretanja administrativnih provera i, po potrebi, učešće u istim;
• analizu i upravljanje rizicima;
• izradu i ažuriranje metodologije za upravljanje rizicima u vezi sa pojavom nepravilnosti i prevara u postupanju sa finansijskim sredstvima Evropske unije;
• izradu i ažuriranje procedura za postupanje po prijavljenim nepravilnostima;
• vođenje registra prijavljenih i potvrđenih nepravilnosti i registra istraga i sudskih postupaka u vezi sa slučajevima sumnje na prevaru u postupanju sa finansijskim sredstvima Evropske unije;
• izveštavanje OLAF-a putem informacionog sistema za upravljanje nepravilnostima (IMS);

• identifikovanje slabosti u nacionalnim sistemima za upravljanje finansijskim sredstvima Evropske unije i pripremu predloga za otklanjanje istih.

Grupa za postupanje po prijavljenim nepravilnostima i sumnjama na prevaru obavlja poslove koji se odnose na:

• koordinaciju pravne, operativne i tehničke saradnje, kao i na razmenu podataka o nepravilnostima i slučajevima sumnje na prevaru sa nadležnim institucijama Republike Srbije, kao i sa OLAF-om i drugim nadležnim institucijama Evropske komisije;
• organizovanje i/ili sprovođenje administrativnih provera prijavljenih nepravilnosti i sumnji na prevaru;
• prikupljanje informacija za pokretanje postupaka od strane nadležnih institucija radi sankcionisanja nepravilnosti i zloupotreba u postupanju sa finansijskim sredstvima Evropske unije;
• pružanje stručne i logističke podrške nadležnim institucijama Republike Srbije i/ili OLAF-u u vršenju njihovih istraga/provera i po potrebi učestvovanje u istim;
• identifikovanje slabosti u nacionalnim sistemima za upravljanje finansijskim sredstvima Evropske unije;
• praćenje toka istraga i sudskih postupaka u vezi sa slučajevima sumnje na prevaru u postupanju sa finansijskim sredstvima Evropske unije i izveštavanje OLAF-a o njima;
• izradu i ažuriranje procedura za postupanje po prijavljenim nepravilnostima;
• sprovođenje obuka, a u cilju zaštite finansijskih interesa Evropske unije i pripremu informacija i izveštaja iz nadležnosti grupe.

Grupa za studijsko-analitičke poslove obavlja poslove koji se odnose na:

• koordinaciju aktivnosti sa relevantnim institucijama povodom usaglašavanja nacionalnih propisa sa propisima Evropske unije u vezi sa zaštitom finansijskih interesa Evropske unije;
• izradu nacionalnih strateških dokumenata i planova aktivnosti za borbu protiv prevara i upravljanje nepravilnostima u cilju zaštite finansijskih interesa Evropske unije;
• praćenje sprovođenja pratećih akcionih planova strateških dokumenata;
• pripremu i izradu izveštaja o sprovođenju aktivnosti iz strateških dokumenata i izveštaja o aktivnostima u cilju zaštite finansijskih sredstava Evropske unije u Republici Srbiji;
• organizaciju sastanaka AFKOS Mreže;
• izradu analize potreba za obukama, kao i organizovanje i sprovođenje obuka sa ciljem zaštite finansijskih interesa Evropske unije;
• pripremu materijala i izveštaja za učešće u relevantnim pregovaračkim grupama Republike Srbije u procesu pregovora o pristupanju Evropskoj uniji;
• pripremu i izradu mišljenja i izveštaja po zahtevu Sekretarijata ministarstva i pripremu informacija i izveštaja iz nadležnosti grupe.