Republika Srbija je, u cilju zaštite finansijskih interesa Evropske unije, preuzela obavezu da uspostavi AFKOS – Službu za koordinaciju borbe protiv prevara, kako bi olakšala delotvornu saradnju i razmenu informacija, uključujući i informacije operativne prirode sa Evropskom kancelarijom za borbu protiv prevara (OLAF). Predlog Ministarstva finansija za pozicioniranje AFKOS-a usaglašen je sa OLAF-om početkom 2013. godine, nakon čega je, Pravilnikom o unutrašnjem uređenju i sistematizaciji radnih mesta u Ministarstvu finansija, formiran AFKOS, i to kao Grupa za suzbijanje nepravilnosti i prevara u postupanju sa sredstvima Evropske unije. Navedena grupa predstavljala je nacionalno telo odgovorno za:

• koordinaciju pravnih, administrativnih i operativnih aktivnosti u vezi sa suzbijanjem nepravilnosti i prevara, a u cilju zaštite finansijskih interesa EU u Republici Srbiji;

• ostvarivanje operativno – tehničke saradnje sa OLAF-om;
• praćenje toka istraga i sudskih postupaka u vezi sa slučajevima prevara i izveštavanje OLAF-a o statusu istih; i
• sprovođenje aktivnosti u vezi sa podizanjem kapaciteta, a u cilju zaštite finansijskih interesa EU.

Pored navedenog, grupi je poverena i nadležnost za uspostavljanje Mreže za suzbijanje nepravilnosti i prevara u postupanju sa finansijskim sredstvima EU. Kao posebna organizaciona jedinica, sa tri sistematizovana radna mesta i funkcionalno nezavisna, bila je pod direktnom nadležnošću ministra finansija i operativno koordinirana od strane državnog sekretara koji je predsedavao Pregovaračkom grupom za Poglavlje 32 – Finansijski nadzor. Izmenom gore navedenog pravilnika iz avgusta 2017. godine, AFKOS prerasta iz grupe u odeljenje, sa dve uže organizacione jedinice – Grupom za postupanje po prijavljenim nepravilnostima i sumnjama na prevaru i Grupom za analizu podataka i upravljanje rizicima.

Tokom perioda od svog formiranja, AFKOS je prešao put od tela sa isključivo koordinacionom ulogom do odeljenja u čijem delokrugu je i obavljanje administrativnih provera prijavljenih nepravilnosti u postupanju sa finansijskim sredstvima EU.

Danas, AFKOS ima status unutrašnje jedinice Ministarstva finansija izvan sastava sektora i Sekretarijata, pod nazivom Odeljenje za suzbijanje nepravilnosti i prevara u postupanju sa finansijskim sredstvima Evropske unije (AFKOS), sa 13 sistematizovanih radnih mesta i tri uže unutrašnje jedinice (Grupa za selekciju prijavljenih nepravilnosti i upravljanje rizicima, Grupa za postupanje po prijavljenim nepravilnostima i sumnjama na prevaru i Grupa za studijsko-analitičke poslove). Takva institucionalna pozicioniranost omogućava AFKOS-u optimalni nivo funkcionalne samostalnosti za nesmetano obavljanje operativnih zadataka.