Misija AFKOS-a je obezbeđivanje efikasne i efektivne zaštite finansijskih interesa EU, u jednakoj meri i na isti način kao i kada je reč o sopstvenim interesima, kroz koordinaciju aktivnosti usmerenih na jačanje normativnog, institucionalnog i operativnog okvira koji će doprineti delotvornijoj borbi protiv nepravilnosti i prevara.

Vizija AFKOS-a je ostvarivanje visokog nivoa učinka finansijske pomoći EU u Republici Srbiji, uz poštovanje relevantnih propisa i procedura.