Република Србија је, у циљу заштите финансијских интереса Европске уније, преузела обавезу да успостави АФКОС – Службу за координацију борбе против превара, како би олакшала делотворну сарадњу и размену информација, укључујући и информације оперативне природе са Европском канцеларијом за борбу против превара (ОЛАФ). Предлог Министарства финансија за позиционирање АФКОС-а усаглашен је са ОЛАФ-ом почетком 2013. године, након чега је, Правилником о унутрашњем уређењу и систематизацији радних места у Министарству финансија, формиран АФКОС, и то као Група за сузбијање неправилности и превара у поступању са средствима Европске уније. Наведена група представљала је национално тело одговорно за:

• координацију правних, административних и оперативних активности у вези са сузбијањем неправилности и превара, а у циљу заштите финансијских интереса ЕУ у Републици Србији;

• остваривање оперативно – техничке сарадње са ОЛАФ-ом;

• праћење тока истрага и судских поступака у вези са случајевима превара и извештавање ОЛАФ-а о статусу истих; и

• спровођење активности у вези са подизањем капацитета, а у циљу заштите финансијских интереса ЕУ.

Поред наведеног, групи је поверена и надлежност за успостављање Мреже за сузбијање неправилности и превара у поступању са финансијским средствима ЕУ. Као посебна организациона јединица, са три систематизована радна места и функционално независна, била је под директном надлежношћу министра финансија и оперативно координирана од стране државног секретара који је председавао Преговарачком групом за Поглавље 32 – Финансијски надзор. Изменом горе наведеног правилника из августа 2017. године, АФКОС прераста из групе у одељење, са две уже организационе јединице – Групом за поступање по пријављеним неправилностима и сумњама на превару и Групом за анализу података и управљање ризицима.

Током периода од свог формирања, АФКОС је прешао пут од тела са искључиво координационом улогом до одељења у чијем делокругу је и обављање административних провера пријављених неправилности у поступању са финансијским средствима ЕУ.

Данас, АФКОС има статус унутрашње јединице Министарства финансија изван састава сектора и Секретаријата, под називом Одељење за сузбијање неправилности и превара у поступању са финансијским средствима Европске уније (АФКОС), са 13 систематизованих радних места и три уже унутрашње јединице (Група за селекцију пријављених неправилности и управљање ризицима, Група за поступање по пријављеним неправилностима и сумњама на превару и Група за студијско-аналитичке послове). Таква институционална позиционираност омогућава АФКОС-у оптимални ниво функционалне самосталности за несметано обављање оперативних задатака.