АФКОС је систематизован као унутрашња јединица у оквиру Министарства финансија изван сектора и Секретаријата под директном надлежношћу министра финансија.

Послови из надлежности АФКОС-а спроводе се у оквиру три уже унутрашње јединице, и то:

1.   Групe за селекцију пријављених неправилности и управљање ризицима,

2.   Групe за поступање по пријављеним неправилностима и сумњама на превару, и

3.   Групe за студијско-аналитичке послове.

Група за селекцију пријављених неправилности и управљање ризицима обавља послове који се односе на:

• селекцију пријављених неправилности;

• предлагање покретања административних провера и, по потреби, учешће у истим;

• анализу и управљање ризицима;

• израду и ажурирање методологије за управљање ризицима у вези са појавом неправилности и превара у поступању са финансијским средствима Европске уније;

• израду и ажурирање процедура за поступање по пријављеним неправилностима;

• вођење регистра пријављених и потврђених неправилности и регистра истрага и судских поступака у вези са случајевима сумње на превару у поступању са финансијским средствима Европске уније;

• извештавање ОЛАФ-а путем информационог система за управљање неправилностима (ИМС);

• идентификовање слабости у националним системима за управљање финансијским средствима Европске уније и припрему предлога за отклањање истих.

Група за поступање по пријављеним неправилностима и сумњама на превару обавља послове који се односе на:

• координацију правне, оперативне и техничке сарадње, као и на размену података о неправилностима и случајевима сумње на превару са надлежним институцијама Републике Србије, као и са ОЛАФ-ом и другим надлежним институцијама Европске комисије;

• организовање и/или спровођење административних провера пријављених неправилности и сумњи на превару;

• прикупљање информација за покретање поступака од стране надлежних институција ради санкционисања неправилности и злоупотреба у поступању са финансијским средствима Европске уније;

• пружање стручне и логистичке подршке надлежним институцијама Републике Србије и/или ОЛАФ-у у вршењу њихових истрага/провера и по потреби учествовање у истим;

• идентификовање слабости у националним системима за управљање финансијским средствима Европске уније;

• праћење тока истрага и судских поступака у вези са случајевима сумње на превару у поступању са финансијским средствима Европске уније и извештавање ОЛАФ-а о њима;

• израду и ажурирање процедура за поступање по пријављеним неправилностима;

• спровођење обука, а у циљу заштите финансијских интереса Европске уније и припрему информација и извештаја из надлежности групе.

Група за студијско-аналитичке послове обавља послове који се односе на:

• координацију активности са релевантним институцијама поводом усаглашавања националних прописа са прописима Европске уније у вези са заштитом финансијских интереса Европске уније;

• израду националних стратешких докумената и планова активности за борбу против превара и управљање неправилностима у циљу заштите финансијских интереса Европске уније;

• праћење спровођења пратећих акционих планова стратешких докумената;

• припрему и израду извештаја о спровођењу активности из стратешких докумената и извештаја о активностима у циљу заштите финансијских средстава Европске уније у Републици Србији;

• организацију састанака АФКОС Мреже;

• израду анализе потреба за обукама, као и организовање и спровођење обука са циљем заштите финансијских интереса Европске уније;

• припрему материјала и извештаја за учешће у релевантним преговарачким групама Републике Србије у процесу преговора о приступању Европској унији;

• припрему и израду мишљења и извештаја по захтеву Секретаријата министарства и припрему информација и извештаја из надлежности групе.