Мисија АФКОС-а је обезбеђивање ефикасне и ефективне заштите финансијских интереса ЕУ, у једнакој мери и на исти начин као и када је реч о сопственим интересима, кроз координацију активности усмерених на јачање нормативног, институционалног и оперативног оквира који ће допринети делотворнијој борби против неправилности и превара.

Визија АФКОС-а је остваривање високог нивоа учинка финансијске помоћи ЕУ у Републици Србији, уз поштовање релевантних прописа и процедура.