Одељење за сузбијање неправилности и превара у поступању са финансијским средствима Европске уније (АФКОС) обавља послове који се односе на:

• предузимање свих мера и активности у циљу заштите финансијских интереса Европске уније и Републике Србије;

• координацију правне, оперативне и техничке сарадње, као и на размену података о неправилностима и случајевима сумње на превару са надлежним институцијама Републике Србије, као и са Европском канцеларијом за борбу против превара (ОЛАФ) и са другим надлежним институцијама Европске комисије;

• организовање и/или спровођење административних провера пријављених неправилности и сумњи на превару;
• прикупљање информација за покретањe поступака од стране надлежних институција ради санкционисања неправилности и злоупотреба у поступању са финансијским средствима Европске уније, као и пружање стручне и логистичке подршке ОЛАФ-у на територији Републике Србије;

• идентификовање слабости у националним системима за управљање финансијским средствима Европске уније;
• праћење тока истрага и судских поступака у вези са случајевима сумње на превару у поступању са финансијским средствима Европске уније и извештавање ОЛАФ-а о њима;

• подршку раду Мреже за борбу против превара и управљање неправилностима у поступању са финансијским средствима Европске уније (АФКОС Мрежа) и размену података о неправилностима и сумњи на превару у поступању са финансијским средствима Европске уније са члановима АФКОС Мреже;

• управљање процесом израде националних стратешких докумената и планова активности за заштиту финансијских интереса Европске уније и праћење њиховог спровођења;

• координацију активности поводом усаглашавања националних прописа са прописима Европске уније у вези са заштитом финансијских интереса Европске уније;

• анализу и управљање ризицима у циљу превенције неправилности и превара у поступању са финансијским средствима Европске уније;

• организацију обука у циљу заштите финансијских интереса Европске уније;
• учествовање у релевантним преговарачким групама Републике Србије у процесу преговора о приступању  Европској унији у складу са утврђеним надлежностима;

• учешће у процесима који су у вези са стручним усавршавањем државних службеника у одељењу.